Der Sturz von Erich Honecker im Oktober 1989 markierte nicht nur das politische Ende des langjährigen DDR-Staatschefs, sondern den Beginn einer juristischen und biografischen Odyssee, die über drei Jahre andauern sollte. Nach dem Verlust seiner Ämter und dem Auszug aus der Waldsiedlung Wandlitz fand das Ehepaar Honecker sich in einer Situation wieder, die für die einstige Nomenklatura unvorstellbar schien: Sie waren obdachlos. Dass ausgerechnet der evangelische Pfarrer Uwe Holmer im brandenburgischen Lobetal dem Ehepaar Asyl gewährte, gehört zu den bemerkenswertesten Episoden der Wendezeit. Es war ein Akt christlicher Nächstenliebe gegenüber jenen, die die Kirche im Sozialismus systematisch benachteiligt hatten.
Im März 1991 wurden die Honeckers vom sowjetischen Militär nach Moskau ausgeflogen. Es war der Versuch, sich der deutschen Justiz zu entziehen, die wegen der Toten an der innerdeutschen Grenze ermittelte. Doch die politische Weltkarte hatte sich verändert. Mit dem Zerfall der Sowjetunion verlor Honecker seine letzten mächtigen Fürsprecher. Die neue russische Führung unter Boris Jelzin war an guten Beziehungen zum wiedervereinigten Deutschland interessiert und drängte auf eine Ausreise. Die Flucht in die chilenische Botschaft in Moskau im Dezember 1991 war der letzte Versuch, Schutz zu finden. Hier schloss sich ein historischer Kreis: Die DDR hatte nach dem Pinochet-Putsch 1973 vielen Chilenen Exil gewährt, nun forderte Honecker diese Solidarität ein.
Nach monatelangem diplomatischem Ringen kehrte Honecker im Juli 1992 nach Berlin zurück und wurde in der Justizvollzugsanstalt Moabit inhaftiert. Der Ort war symbolträchtig, hatte er doch an gleicher Stelle bereits während der NS-Zeit in Haft gesessen. Der Prozessauftakt im November 1992 wurde weltweit beobachtet. Angeklagt war der ehemalige Staatsratsvorsitzende wegen Totschlags in 63 Fällen. Die juristische Aufarbeitung stand jedoch vor komplexen Herausforderungen. Es ging um die Frage, ob und wie staatliches Unrecht der DDR mit den Mitteln des bundesdeutschen Strafrechts gesühnt werden kann, insbesondere unter Berücksichtigung des Rückwirkungsverbots.
Honecker selbst zeigte vor Gericht keine Reue. Er verteidigte den Mauerbau und den Schießbefehl als politische Notwendigkeiten im Kontext des Kalten Krieges und berief sich auf die Souveränität der DDR. Eine inhaltliche Auseinandersetzung mit dem Leid der Opfer und ihrer Angehörigen fand seinerseits nicht statt. Das Verfahren nahm jedoch eine Wendung, die weniger juristisch als medizinisch begründet war. Honecker litt an fortgeschrittenem Leberkrebs. Seine Verteidigung argumentierte, dass eine Fortsetzung des Prozesses gegen einen Sterbenden gegen die Menschenwürde verstoße.
Das Landesverfassungsgericht Berlin folgte dieser Argumentation im Januar 1993. Es entschied, dass die Einstellung des Verfahrens geboten sei, da die Lebenserwartung des Angeklagten geringer war als die voraussichtliche Prozessdauer. Diese Entscheidung löste in der Öffentlichkeit und besonders bei den Opferverbänden heftige Kontroversen aus. Der Rechtsstaat zeigte hier seine vielleicht schwierigste Facette: Er gewährte auch jenem Mann Verfahrensrechte und Schutz, der diese Prinzipien in seiner eigenen Herrschaftszeit missachtet hatte.
Unmittelbar nach seiner Freilassung reiste Erich Honecker nach Chile aus, wo seine Frau und seine Tochter lebten. In Santiago de Chile verbrachte er seine letzten Lebensmonate in einer ruhigen Vorortsiedlung, weitgehend isoliert von der Öffentlichkeit. Er verstarb am 29. Mai 1994. Sein Tod in der Ferne hinterließ eine offene Wunde in der deutschen Nachkriegsgeschichte. Die juristische Schuldfrage blieb formal ungeklärt, und die moralische Auseinandersetzung musste ohne ein abschließendes Urteil weitergeführt werden. Was bleibt, ist die Dokumentation einer Flucht, die die Grenzen von Politik, Justiz und Moral gleichermaßen austestete.